近年來新一代測序技術的研發和應用，極大地推動瞭基因組科學的發展，也給基因組數據分析帶來巨大的新挑戰。第三版對前兩版原有內容做瞭大量更新和補充，全書17章，分彆從基因組學、蛋白質組學、係統生物學三個層次詳細介紹瞭常用的基因數據庫和網絡工具；為適應Windows7的環境，將BioPerl程序包的數據分析做瞭重排使其更易操作。尤其是增添瞭新一代測序數據分析實例，包括SNVs和Indel識彆、小RNA-seq分析、枯草杆菌全基因組序列拼接；並對Bowtie等讀序列定位工具和UCSC瀏覽器的使用做介紹。 　　

本書內容深入淺齣、圖文並茂。書中提及的各種方法均有充實的例證並附上相關數據和圖錶，供讀者理解和參考；書後還附有中英文的專業術語和詞匯。可作為對基因組學、蛋白質組學、生物信息學感興趣的本科生、研究生和研究人員學習、研究的重要工具手冊。

第三版前言
第二版前言
第*版前言
第1章 序列比對工具BLAST和ClustalX
1.1 BLAST搜索程序
1.2 本地運行BLAST(Windows係統)
1.3 多序列比對(ClustalX)
參考文獻
第2章 真核生物基因結構的預測
2.1 基因可讀框的識彆
2.2 CpG島、轉錄終止信號和啓動子區域的預測
2.3 基因密碼子偏好性計算:CodonW的使用
2.4 采用mRNA序列預測基因:Spidey的使用
2.5 ASTD數據庫簡介
參考文獻
第3章 電子剋隆
3.1 種子序列的搜索
3.2 序列拼接
3.3 在水稻數據庫中的電子延伸
3.4 電子剋隆有關事項的討論
參考文獻
第4章 分子進化遺傳分析工具(MEGA5)
4.1 序列數據的獲取和比對
4.2 進化距離的估計
4.3 分子鍾假說的檢驗
4.4 係統進化樹構建
參考文獻
第5章 蛋白質結構與功能預測
5.1 蛋白質信息數據庫
5.2 蛋白質一級結構分析
5.3 蛋白質二級結構預測
5.4 蛋白質傢族和結構域
5.5 蛋白質三級結構預測
5.6 蛋白質結構可視化工具
參考文獻
第6章 序列模體的識彆和解析
6.1 MEME程序包
6.2 通過MEME識彆DNA或蛋白質序列中模體
6.3 通過MAST搜索序列中的已知模體
6.4 通過GLAM2識彆有空位的模體
6.5 通過GLAM2SCAN搜索序列中的已知模體
6.6 應用TOMTOM與數據庫中的已知模體進行比對
6.7 應用GOMO鑒定模體的功能
6.8 應用MCAST搜索基因錶達調控模塊
6.9 應用MEME-ChIP發現DNA序列模體
6.10 應用SPAMO推測轉錄因子的結閤位點
6.11 應用DREME發現短的正則錶達模體
6.12 應用FIMO尋找數據庫已知的模體
6.13 應用CentiMo尋找主要的富集模體
參考文獻
第7章 蛋白質譜數據分析
7.1 生物質譜技術的基本原理
7.2 X!Tandem軟件
7.3 Mascot軟件
7.4 Sequest軟件
7.5 蛋白質組學數據統計分析TPP軟件
參考文獻
第8章 基因芯片數據處理和分析
8.1 芯片數據的獲取和處理
8.2 芯片數據聚類分析和差異錶達基因篩選
8.3 GenMAPP芯片數據的可視化
8.4 通過GEO檢索和提交芯片數據
8.5 應用DAVID工具對芯片數據功能注釋和分類
參考文獻
第9章 GO基因本體和KEGG代謝途徑分析
9.1 Gene Ontology數據庫
9.2 KEGG數據庫
參考文獻
第10章 係統生物學網絡結構分析
10.1 Cytoscape軟件簡介
10.2 Cytoscape軟件安裝
10.3 Cytoscape基本操作
10.4 應用BiNGO插件進行基因注釋
10.5 應用BioQuali插件進行基因錶達分析
10.6 應用Agilent Literature Search插件進行文獻搜索
10.7 鏈接BOND數據庫做網絡分析
10.8 應用插件Cytoprophet預測潛在蛋白和結構域的相互作用
參考文獻
第11章 Bioperl模塊數據分析及其安裝
11.1 概述
11.2 Bioperl重要模塊簡介和腳本實例
11.3 Bioperl安裝
參考文獻
第12章 讀序列(reads)定位軟件Bowtie
12.1 Bowtie特性
12.2 Burrows-Wheeler(BW)轉換程序
12.3 不要求精確的比對搜索
12.4 迴溯過量錶達
12.5 階段搜索
12.6 Bowtie的輸齣格式
參考文獻
第13章 UCSC基因組瀏覽器
13.1 基因分類器(Gene sorter)工具
13.2 基因組瀏覽器(Genome Browser)
13.3 蛋白質組瀏覽器(Proteome Browser)
13.4 錶瀏覽器(Table Browser)
參考文獻
第14章 SNVs和Indel識彆分析方法及工具
14.1 Bowtie工具
14.2 samtools軟件包
14.3 識彆單核苷酸多態性(SNP)
14.4 尋找同義突變和非同義突變
14.5 發現讀框內插入缺失(in-frame indel)
14.6 發現其他類型的突變
參考文獻
第15章 小RNA高通量測序數據分析
15.1 數據分析流程
15.2 Rfam數據庫
15.3 miRBase數據庫
15.4 應用mfold預測RNA二級結構
15.5 應用miRAlign搜索miRNA
15.6 應用TargetScan預測miRNA的靶基因
參考文獻
第16章 RNA測序(RNA-Seq)分析
16.1 TopHat的分析流程
16.2 轉錄組讀序列比對
16.3 獲得基因錶達譜及轉錄物錶達譜
16.4 差異錶達基因鑒定及注釋
16.5 SNPs/SNVs及InDels鑒定與注釋
16.6 選擇性剪切(alternative splicing)鑒定
16.7 TopHat應用實例
參考文獻
第17章 全基因組序列拼接的流程和方法
17.1 實例數據的獲取
17.2 短讀序列數據作圖到參考基因組
17.3 將短讀序列數據從頭拼接成染色體骨架
17.4 大規模染色體骨架拼接
17.5 草圖和實驗物理圖譜間的比較
參考文獻
英漢對照詞匯
英文索引
中文索引
彩圖