基本信息

編輯推薦

《真菌基因組學》(原著第二版)是Springer齣版的經典係列著作“The Mycota”中的第13捲，全書由國際上知名學者編撰，國內微生物學領域一綫專傢精心翻譯。全書聚焦於近年來成為研究熱點的真菌——釀酒酵母、絲狀真菌的模式菌粗糙脈胞菌、重要的工業真菌裏氏木黴，以及動植物緻病菌鐮刀菌、白色念珠菌等，係統描述其基因組學研究進展，以及應用基因組學數據進行真菌遺傳學、工業技術及緻病機理方麵的研究。本書對於從事真菌係統研究者來說是重要的文獻資料。

內容提要

真菌作為生物界一個古老而重大的類群，在農業微生物、工業微生物以及醫學微生物研究中占有重要地位。《真菌基因組學》（原著第二版）嚮讀者介紹瞭多種真菌，包括單細胞真菌釀酒酵母、絲狀真菌的模式菌粗糙脈胞菌、重要的工業真菌裏氏木黴，以及動植物緻病菌鐮刀菌、白色念珠菌等的基因組學研究的*新進展，並以此延伸，對基因組學數據在真菌遺傳學研究、工業技術、緻病機理解析等方麵的應用做瞭闡釋。本書寬廣的覆蓋麵、對*新研究結果的詳細闡述，使得本書內容深入且極富使用價值。 本書可供微生物學、生物工程、生化工程、醫學基礎和藥學等領域的研究人員與企業技術人員參考。

目錄

第1部分 基因組測序及外延 1 第1章 以酵母菌為模式菌株對復雜疾病的係統生物學研究 2 Ⅰ．引言 2 Ⅱ．以酵母菌為模式菌株的係統生物學研究以解析復雜疾病的基本機理與網絡 4 A. 酵母作為研究真核生物和人類疾病的模型 4 1. 酵母作為研究真核生物和係統生物學的模型 4 2. 酵母作為研究人類疾病分子係統生物學的模型 5 B. 復雜疾病係統的生物學基本機理與網絡的綜閤研究：典型病例和應用——酵母新模型 12 1. 多因子復雜疾病 12 2. 目標、實驗係統、設計、數據分析整閤策略 13 3. 酵母係統生物學研究復雜疾病的基本網絡：典型病例和應用——從酵母到人類的新的疾病模型 14 Ⅲ．小結 18 參考文獻 19 第2章 真菌基本譜係的基因組學研究：係統發育基因組學研究顯示具有共同起源 28 Ⅰ．引言 28 A. 前基因組時代的知識積纍：我們知道多少種真菌？ 28 B. 基因組時代的*新狀態：取得什麼成果？ 29 Ⅱ．真菌基本譜係的進化：係統發育基因組角度的相關研究 32 A. 水生的運動孢子（遊動孢子）真菌 33 1. 芽枝黴門 33 2. 壺菌門 34 3. 新美鞭菌門 35 B. 陸生的不動孢子真菌 36 1. 毛黴門 37 2. 被孢黴門 41 3. 蟲黴菌門 41 4. 球囊菌門 42 C. 與真菌具有共同祖先的其它微生物 42 1. 隱真菌門（羅茲壺菌目）：異水黴羅茲壺菌 42 2. 微孢子蟲 44 3. 核形蟲目-Fonticula類群：簡單核形蟲和Fonticula alba 44 4. 中黏菌門（魚孢黴菌科） 45 Ⅲ．真菌基本譜係的進化：係統發育基因組的相關研究 45 Ⅳ．基本真菌的基因組的主要特徵 46 A. 全基因組復製 46 B. 基因復製、串聯重復 47 Ⅴ．小結 48 參考文獻 48 第3章 真菌係統發育基因組學研究 55 Ⅰ．引言 55 Ⅱ．確定跨越基因組的基因：直係同源和旁係同源 55 Ⅲ．係統發育基因組學方法重構物種進化樹 56 A. 進化背景下基因組學 56 B. 構建真菌進化樹 57 Ⅳ．關注基因傢族曆史：從基因組到係統發育組學 60 Ⅴ．真菌進化過程的研究 61 A. 基因傢族的擴增與全基因組復製 61 B. 水平基因轉移 63 C. 真菌砷酸鹽代謝中的水平基因轉移 64 Ⅵ．比較分析認識真菌生物學 65 Ⅶ．基於比較基因組的蛋白質功能預測 66 Ⅷ．小結 66 參考文獻 67 第4章 基因組數據驅動菌種保藏的發展 72 Ⅰ．引言 72 Ⅱ．菌種保藏中心 72 A. 菌種保藏中心認證 73 B. 生物多樣性公約 75 Ⅲ．真菌全基因組分析 76 A. 參考基因組序列 76 B. 同物種多分離菌株的測序 78 C. 後基因組時代的菌株等效性 83 Ⅳ．基因組技術對菌種保藏中心的影響 84 A. 基因本體論驅動的菌種保藏中心目錄 84 B. 重測序的等位基因目錄 84 Ⅴ．小結 85 參考文獻 86 第2部分 細胞和發育生物學 89 第5章 真菌染色質及其對基因錶達的調控作用 90 Ⅰ．引言 90 Ⅱ．染色質結構的調控：並非所有的修飾都是“錶觀遺傳”調控 91 Ⅲ．染色質結構單元：絲狀真菌中的組蛋白組分 93 Ⅳ．參與組蛋白修飾的蛋白 98 Ⅴ．異染色質形成的控製 98 Ⅵ．絲狀真菌中的兼性異染色質 100 Ⅶ．小結 103 Ⅷ．真菌基因組和轉錄組的網上資源 103 參考文獻 103 第6章 脈孢菌中的光生物學及生物鍾調控 113 Ⅰ．引言 113 Ⅱ．真菌光生物學 113 A. 真菌為什麼要感光？ 113 B. 真菌光受體：生物化學與分布 114 1. 基於黃素的藍光受體 114 2. 紅光敏感的光敏色素 118 3. 視紫紅質和視紫蛋白相關蛋白 118 4. 小結 119 C. 粗糙脈孢菌的光生物學 119 1. 脈孢菌的光響應 119 2. 白領復閤物信號轉導的分子基礎 119 3. 白領復閤物受蛋白激酶及VVD作用的負調控 120 4．脈孢菌中的其它光受體：僅需要LOV？ 121 D. 麯黴屬的光響應 122 1. 構巢麯黴的光響應 122 2. WCC和光敏色素之間在遺傳學和物理學上的相互作用 123 3. 構巢麯黴中CryA的功能為CPD光裂閤酶和光敏感的隱花色素 123 4. 小結 123 E. 總結 124 Ⅲ．晝夜節律和真菌 124 A. 什麼是晝夜節律？ 124 B. 追蹤脈孢菌的晝夜節律 125 C. 其它真菌中生物鍾的保守性 126 D. 生物鍾振蕩器的分子機製 126 E. 核心時鍾組件 128 1. 負調控組件：FRQ和FRH 128 2. 正調控：“白領”復閤物 131 F. 時鍾輸入和輸齣 131 1. 輸入 131 2. 輸齣 132 G. 脈孢菌的分子優勢 132 參考文獻 133 第7章 子實體發育的基因組學和轉錄組學研究 139 Ⅰ．引言 139 Ⅱ．從基因組到功能 140 A. “無性”真菌的有性發育 140 B. 大規模基因敲除的研究 141 C. 基因組測序發現突變 141 Ⅲ．轉錄組學：基因組學的應用 142 A. 轉錄組學確定發育過程中的基因錶達圖譜 144 1. 不同發育階段的轉錄組學 144 2. 比較轉錄組學鑒彆進化上保守基因的錶達模式 145 B. 利用轉錄組學鑒定發育相關基因和突變 147 1．轉錄組學分析交配型依賴的基因錶達 147 2. 光受體突變體的轉錄組學分析 149 3. 其它發育相關突變體的轉錄組學分析 150 C. 子實體發育階段差異錶達基因的詳細分析 151 Ⅳ．其它“組學”方法 152 Ⅴ．小結 153 參考文獻 153 第3部分 生物技術相關的基因組學 161 第8章 真菌對植物生物質的降解與修飾 162 Ⅰ．前言 162 A. 植物生物質的組成 162 B. 縴維素 162 C. 半縴維素 163 1. 木聚糖 163 2. 木葡聚糖 163 3. 半乳甘露聚糖 165 D. 果膠 165 1. 同聚半乳糖醛酸和木糖基聚半乳糖醛酸 165 2. 鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅰ和鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅱ 165 E. 木質素 166 Ⅱ．子囊菌産生的植物生物質修飾酶 168 A. 子囊菌基因組研究現狀 168 B. 腐生真菌、人類病原真菌、植物病原真菌以及酵母的比較 170 C. 子囊真菌降解植物生物質的轉錄組與蛋白質組研究 172 D. 植物生物質相關基因的錶達調控 174 Ⅲ．擔子菌産生的植物生物質修飾酶 174 A. 擔子菌基因組研究現狀 174 B. 擔子菌中參與木質素修飾的酶類 175 1. Ⅱ型血紅素過氧化物酶類 175 2. 多銅氧化酶類 178 3. 産H2O2的氧化還原酶類 179 4. P450單加氧酶類 180 5. 縴維素氧化酶類 180 6. 草酸分解酶類 181 C. 白腐真菌和褐腐真菌的比較 182 D. 擔子菌降解植物生物質的轉錄組和蛋白質組分析 182 Ⅳ．小結 184 參考文獻 185 第9章 工業絲狀真菌的轉錄組學研究：調控、生理及應用的新視角 197 Ⅰ．引言 197 Ⅱ．轉錄組學分析的實驗設計 198 A. 轉錄譜平颱 198 B. 真菌培養方法 201 Ⅲ．作為産酶細胞工廠的絲狀真菌 206 A. 分泌壓力 206 B. 蛋白水解 208 C. 菌絲異質性 208 Ⅳ．作為植物生物質降解者的絲狀真菌 208 Ⅴ．絲狀真菌作為宿主産生代謝物 210 A. 初級代謝物 210 B. 次級代謝物 211 Ⅵ．真菌的形態學與生産能力 212 Ⅶ．未來新進展 213 參考文獻 213 第10章 木黴屬生防菌種和工業産酶菌種的基因組分析 220 Ⅰ．引言 220 Ⅱ．木黴屬基因組及其特徵 221 A. 一般特徵 221 B. 基因傢族