生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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[法] H.蒂勒門特，M.齊維，C.達默韋爾 等 編，瀋世華 譯

圖書標籤:

• 植物蛋白質組學
• 蛋白質組學
• 生命科學
• 實驗指南
• 植物科學
• 生物技術
• 分子生物學
• 組學研究
• 實驗技術
• 科研方法

出版社： 科学出版社

ISBN：9787030364609

版次：1

商品编码：11183472

包装：平装

开本：16开

出版时间：2013-01-01

页数：336

正文语种：中文

編輯推薦

　　《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》是國際上一本有關植物蛋白質組學研究的實驗方法和操作手冊，比較全麵的編寫瞭06年前包括不同植物組織器官蛋白質提取方法、不同蛋白質樣品的不同解析方式等，在植物蛋白質組學實驗和研究過程中具有較大實用價值。

內容簡介

　　《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》由國際植物蛋白質組學研究領域的數位專傢閤作編寫而成，係統介紹瞭植物細胞總蛋白、細胞器蛋白的分離提取，蛋白質的修飾，經典的蛋白質雙嚮電泳、質譜技術等植物蛋白質組學研究的常用技術方法。對實驗流程的描述簡潔易懂，並配有實例，同時對關鍵步驟做瞭特彆注釋，無論對教學還是科研都有很高的參考價值。

作者簡介

　　瀋世華，中國科學院植物研究所研究員，博士生導師。兼任中國科學院唐山高新技術研發與轉化中心工程植物事業部部長，中國植物生理學會植物生物質與生物能源專業委員會委員。

目錄

前言
第1章 三氯乙酸 丙酮法提取植物全蛋白
第2章 頑拗性植物組織的蛋白質組學研究：苯酚法提取蛋白質
第3章 榖類植物種子蛋白質提取
第4章 木質部和韌皮部汁液蛋白質提取
第5章 木本植物蛋白質提取
第6章 擬南芥葉綠體蛋白質組學分析
第7章 植物綫粒體製備及其亞結構分級分離
第8章 根分生細胞核蛋白質提取
第9章 核蛋白提取
第10章 紫花苜蓿莖細胞壁蛋白質提取
第11章 植物質膜蛋白的提取和溶解
第12章 雙嚮電泳前去垢劑和離液劑對蛋白質的增溶作用
第13章 植物蛋白質組學中的雙嚮電泳技術
第14章 雙嚮凝膠熒光染色與成像
第15章 番茄葉和根二維差異凝膠電泳（DIGE）
第16章 二維凝膠的定量分析
第17章 蛋白質組數據的多元分析
第18章 2D凝膠的蛋白Edman測序
第19章 肽質量指紋圖譜——MALDI TOF法鑒定蛋白質
第20章 利用納升級液相色譜 串聯質譜進行蛋白質鑒定
第21章 水稻葉片和根蛋白質的納升級二維液相色譜串聯質譜
第22章 膜蛋白的分離、鑒定及其功能分析——GFC/IEC/SDS PAGE和MALDI TOF MS方法
第23章 2 DE蛋白質組學的PROTICdb數據庫
第24章 磷酸化蛋白鑒定
第25章 植物蛋白質組學和糖基化
第26章 鑒定分析植物蛋白復閤物的藍綠非變性凝膠電泳
第27章 完整蛋白質從SDS PAGE膠中的電洗脫及其MALDI TOF MS分析
第28章 植物蛋白芯片的構建和抗原 抗體相互作用的研究
第29章 利用植物蛋白質芯片研究蛋白磷酸化
索引

精彩書摘

　　正如所有的亞細胞的蛋白質組學研究，提取細胞壁蛋白質組的關鍵因素是提取的蛋白質片段不能被來自細胞其他部位的蛋白質汙染。通常情況下用兩種方法來分離細胞壁細胞壁的蛋白質。非破裂和破裂蛋白質提取兩種方法各自有其優缺點，特彆是有關蛋白質汙染和改進當前的提取方法。第二個重要方麵是多糖多酚類汙染物的清除，它們在雙嚮電泳中産生不良作用。過去，細胞培養為細胞壁蛋白質的提取提供瞭均一並且相對“乾淨”的組織來源。雖然分化的組織在生物學研究上相關性更強，但是研究起來更加復雜和睏難，目前對於這些組織的大規模的蛋白質組的成果相對比較新。本章簡單總結現有細胞壁蛋白質提取方法並且描述一種從紫花苜蓿莖中提取細胞壁蛋白質的具體方法。
　　提取細胞壁蛋白質最古老和溫和的方法可能包括在適當的溶液懸浮或者洗滌直接從完整的培養細胞提取。史密斯等［1］把番茄的懸浮細胞用CaCl2濃度梯度洗滌齣伸展蛋白的前體流入小柱子。Scott和O’Neil［2］從鬍蘿蔔懸浮細胞中通過用不同濃度的含有CaCl2、TritonX100和0.1mol/LLiCl的溶液提取胞外蛋白。在0.1%TritonX100或0.1mol/LCaCl2中萃取後的懸浮細胞可以再重新迴到同樣的培養液中生長。
　　從5種植物體中提取隻含有初生細胞壁的蛋白質［3］是分離和鑒定大量細胞壁蛋白質的嘗試之一。通過過濾收集細胞，通過在5種不同的緩衝液中攪拌細胞提取蛋白質。緩衝液包含0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA、50mmol/L乙酸鈉（pH6.5）、2mmol/L的二硫蘇糖醇、1mol/LNaCl和0.2mol/L硼酸，pH7.5，緩衝液用於後續和非後續的提取體係。Blee等［4］采用瞭同時具有初生細胞壁和次生細胞壁的轉化瞭的煙草的懸浮細胞係作為活細胞直接提取總蛋白的來源。蛋白質提取用0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA。
　　這個方法的改進後則是用真空透析的原生質體［5］或整個植物組織［6，7］來洗滌非原生質體和細胞壁的蛋白質。這個方法包括一個灌輸步驟藉助鹽溶液或其他的溶液通過溫和降低壓力從而進入細胞間隙。Roger等［5］用1mol/LNaCl和0.4mol/LCaCl2來透析來自於縴維植物下胚軸的固定原生質體，並通過離心和過濾收集非原生質體。馬鈴薯塊莖中的非原生質體通過含有0.6mol/L的NaCl透析組織獲得，然後，離心收集提取物［6］），已使用這種方法收集葉片中的汁液，這種方法采用含20mmol/L抗壞血酸、20mmol/L氯化鈣［7］的溶液。根汁液收集通過簡單切割和離心組織收獲分泌物非破壞性蛋白質提取方法的一個主要的缺點是，細胞壁蛋白質的産量通常較低。目前以基因組為基礎的估算預測齣數以百計的分泌蛋白［9］；然而隻有這個數量的一小部分，在沒有破壞的植物細胞壁的蛋白質研究中被發現。第二個缺點是質膜斷裂的可能性將導緻伴隨細胞質和膜蛋白的細胞壁組分的汙染。由於汙染是一個巨大的障礙，因此確保細胞壁的純度的方法應包括針對典型的汙染蛋白質如檢測標記酶的活性或Western雜交。
　　另一種從活細胞中洗脫細胞壁的蛋白質的方法是利用質膜的質壁分離使質膜萎縮脫離細胞壁。Borderies等［10］用活擬南芥懸浮培養細胞來提取細胞壁鬆散結閤的蛋白質。培養物首先用50％甘油質壁分離，然後相繼用不同的緩衝液提取。利用兩種不同的提取體係——NaCl、EDTA、0.2mol/LCaCl2或NaCl、EDTA、2mol/LLiCl來優化方法並且減少提取處理所造成的膜滲透的問題。這些處理中的幾個導緻細胞壁蛋白汙染上胞內蛋白，因此要利用透射電子顯微鏡來驗證質膜的完整性。
　　破壞性蛋白質提取的方法是細胞壁蛋白提取的第二個主要途徑，並且這個方法也應用瞭質壁分離。在用含有甘油和甘露醇的溶液處理擬南芥的懸浮細胞係後，將細胞通過一個N2破碎彈（disruptionbomb）。隨後細胞碎片被恢復並且通過顯微鏡檢查。從準備的細胞壁材料中用2%的十二烷基硫酸鈉（SDS）提取蛋白質並用Western雜交分析汙染的胞內蛋白。作為非破壞性的方法，汙染是一個重大的問題，因此必須保證細胞壁的純度。
　　在同一組發錶的兩篇文獻中擬南芥懸浮細胞的勻漿液也被用來作為一個細胞壁蛋白質的來源［12，13］。在這兩種情況下，細胞洗滌、過濾，並通過細胞破壞器。這些勻漿在甘油溶液中被分層並且通過重力沉澱後細胞壁組分被收集和洗滌。純化的細胞壁由電子顯微鏡檢查並且通過免疫熒光和免疫雜交檢測汙染的胞內或膜蛋白［12］。結果支持瞭作者的結論：細胞壁組分沒有汙染的蛋白質。在這兩個文件中，細胞壁組分中的蛋白質先用0.2mol/L氯化鈣提取然後用尿素緩衝液。
　　已經從挪威雲杉木質部懸浮培養的活細胞中提取瞭細胞壁的蛋白質。通過在1mol/L氯化鈉的緩衝液中孵育的方法將細胞壁蛋白質從經過過濾和洗滌的細胞中洗脫下來。分離的細胞進行勻漿，隨之蛋白質被釋放，但在離子作用下又與細胞壁結閤，用1mol/LNace緩衝液進行提取洗脫以去除蛋白質得到完整的細胞壁。這些細胞壁經過分離、洗滌、勻漿並懸浮在提取緩衝液中。細胞壁經過冷凍乾燥並且用混閤縴維素酶/浸解酶處理來消化細胞壁，從而釋放共價結閤的細胞壁蛋白質。
　　傳統上，從植物組織的細胞壁中提取的混閤蛋白質用來分離單一蛋白質或某類特有蛋白質。舉例來說，0.2mol/L氯化鈣被用來從大豆種子的種皮提取富含羥脯氨酸的細胞壁糖蛋白（HPRG）［15］。同樣，從大豆幼苗中分離齣瞭HPRG［16］。細胞壁蛋白質用10％三氯乙酸（TCA）沉澱後，在餘下的上清液中檢測到瞭蛋白質。McQueenMason等從黃瓜幼苗的鹽溶性細胞壁蛋白質中純化齣瞭與延伸相關的細胞壁蛋白質［17］。McDougall［18］用一個單一的木質部，從雲杉壓縮和未壓縮的木材枝條細胞壁中分離齣瞭差異錶達的氧化酶。
　　在分化的植物組織中不常大規模開展細胞壁蛋白質組學研究，主要是由於蛋白質、多糖、多酚類汙染物造成的局限性，本章描述的這種方法可用於大規模進行細胞壁蛋白質組學研究和在實驗中總結的解決蛋白質汙染的途徑和經驗（見注釋）。詳見該方法涉及細胞破碎，一係列的嚴格的清洗，以消除汙染蛋白質，並且用氯化鈣和氯化鋰提取細胞壁蛋白質。為確保純度實驗步驟用Bradford實驗和SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）凝膠檢測。用一個清除試劑盒處理後，純化後的蛋白質就可以準備用於雙嚮電泳雙嚮電泳分離。用這種方法從木質化紫花苜蓿（紫花苜蓿）莖細胞壁中分離得到瞭大量重復的各式各樣蛋白質。這種方法減少瞭乾擾一嚮和二嚮電泳的多糖和多酚物質，使得蛋白質準備樣品中汙染很少含有數隻百計的蛋白質數量。蛋白質點可以很容易通過基質輔助激光解吸離子化飛行時間質譜（MALDITOFMS）或液相色譜（LC）/MS/MS的方法得到鑒定［19］。
　　該方法的一個缺點是明顯地缺少一些往往在其他類型的細胞壁材料中能夠檢測到的蛋白質。這些包括高度糖基化蛋白和質膜蛋白（PM）。這些糖基化蛋白比其他細胞壁蛋白更易溶因此可能會在去除胞漿蛋白時的嚴格清洗而丟失［19］。質膜蛋白並不像其他蛋白質那樣緊密結閤細胞壁因此在嚴格的清洗條件下也同樣丟失。這些蛋白質可以通過雙嚮電泳濃縮和分離，也可以用補充的非破壞性的技術來分離它們。像其他細胞壁蛋白質的提取方法一樣，此方法的要求是確保細胞壁都是無汙染的。洗滌後需要用SDSPAGE或免疫雜交對標誌性的酶進行檢測以確定蛋白質提取物的純度。
　　在此方法中選擇的提取用鹽溶液已被普遍用來洗脫細胞壁的蛋白質。通過離子交換，氯化鈣與結閤蛋白質進行交換使細胞壁蛋白釋放齣來［1］，它的交換能力比氯化鈉更有效率［1］，與0.1％TritonX100相比，氯化鈣能夠從活體培養的細胞壁中釋放更多的蛋白質［2］，並且廣泛應用於從植物細胞壁中提取細胞壁蛋白質［15，7，10，12，13，16，18，19］。眾所周知膜的完整性會被0.2mol/L氯化鈣破壞［10］；因此，我們選擇瞭用0.2mol/LCaCl2從破碎的組織中提取細胞壁蛋白質。
　　本章介紹的方法還利用瞭氯化鋰氯化鋰，一種常用的細胞壁蛋白萃取劑［10，20，21］。Voight［22］使用不等濃度的LiCl（0.1～8mol/L）處理衣藻細胞並且發現從所有細胞周期階段提取細胞壁蛋白質的最佳濃度是2～4mol/L，超過4mol/LLiCl不會提取齣更多的蛋白質。隨著LiCl濃度的增加，更多的碳水化閤物也伴隨著蛋白質被提取齣來。我們的方法在提取中使用3mol/LLiCl來提取更多量的不含有額外共萃取碳水化閤物的蛋白質。
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前言/序言

好的，這是一本關於植物蛋白質組學實驗指南的圖書簡介，內容詳實，旨在提供一個全麵且深入的實驗操作參考，而不涉及您提到的具體書名或任何其他書目的內容。 --- 植物蛋白質組學研究：基礎原理與實驗技術全景解析 本書特色： 係統性與深度並重： 全麵覆蓋植物蛋白質組學從樣品製備到數據解析的每一個關鍵環節，理論講解深入淺齣，技術指導具體詳盡。 聚焦前沿技術： 詳述基於高分辨質譜的蛋白質鑒定、定量及修飾分析的最新進展，特彆關注如何應對植物樣品中復雜的基質效應和低豐度蛋白的挑戰。 實用性強： 豐富的實驗方案、故障排除指南及數據分析流程，確保研究者能夠高效、穩定地獲取高質量的實驗結果。 --- 第一部分：植物蛋白質組學的基石——理論與樣品準備 本部分為植物蛋白質組學研究奠定堅實的基礎，詳細闡述瞭該領域的核心理論框架，並對至關重要的樣品采集與預處理技術進行瞭深入探討。 第一章：植物蛋白質組學概述與研究設計 1.1 蛋白質組學在現代植物科學中的定位：從基因組學到錶型組學的橋梁。 1.2 區分定性、定量及功能性蛋白質組學的研究目標與方法學選擇。 1.3 植物組織的選擇、采樣策略與生物學重復的設計原則：如何最大限度地減少實驗誤差和生物學變異。 1.4 蛋白質組學項目的數據管理、倫理考量與質量控製標準。 第二章：植物樣品的采集、穩定與初步提取 2.1 快速失活與穩定技術： 探討液氮速凍、化學固定劑（如PVP、蛋白酶抑製劑混閤物）的使用時機與濃度優化，以抑製內源性酶活性。 2.2 細胞壁的有效破碎： 詳細比較機械破碎（研磨、勻漿）、酶解法（如縴維素酶、果膠酶組閤）和化學裂解法在不同植物組織（葉、根、種子、愈傷組織）中的適用性與效率。 2.3 初步分離與去汙： 介紹如何去除高豐度乾擾物質，如葉綠素、多糖和酚類化閤物，優化後續純化步驟。 第三章：高效的蛋白質提取與溶解方案 3.1 基於不同溶劑體係的提取： 比較溫和裂解緩衝液（如RIPA）、強變性緩衝液（如尿素/硫脲體係）和兩相提取法（Two-Phase Extraction）的優缺點。 3.2 兩步法提取法（Two-Step Extraction）： 針對植物細胞器的分離策略，例如針對細胞質、細胞核或細胞器膜蛋白的特異性提取流程。 3.3 蛋白質的定量與質量評估： 采用Bradford、BCA和熒光法（如Pierce 660R）的準確性比較；SDS-PAGE初步分析純度和分子量分布。 3.4 去除乾擾物質的高級策略： 特彆針對多糖和核酸的深度脫除技術（如過柱預處理）。 --- 第二部分：分離、富集與肽段製備 本部分專注於將復雜的蛋白質混閤物轉化為適閤質譜分析的、高純度的肽段樣品。 第四章：蛋白質分離與預純化技術 4.1 基於電泳的分離技術（2D-PAGE）： 詳細解析等電聚焦（IEF）的優化參數（pH梯度選擇、載膠準備、上樣量），以及垂直/水平凝膠電泳的分離原理與操作細節。 4.2 基於色譜的初步分離： 離子交換層析（IEX）和疏水作用層析（HIC）在初步蛋白質組分級中的應用。 4.3 Mock-Tandem 策略： 介紹如何結閤不同分離介質，實現對蛋白質組的廣譜覆蓋。 第五章：蛋白質的酶解——肽段的生成 5.1 還原、烷基化與酶切試劑的選擇： 重點討論還原劑（DTT, TCEP）和烷基化劑（碘乙酰胺IAM, 4-VINYLPYRIDINE）的反應條件與優化。 5.2 胰蛋白酶（Trypsin）的優化切割： 酶與底物比例、反應時間、溫度控製在確保高效和特異性切割中的作用。 5.3 替代性酶解方法： 探討Glu-C、Lys-C等對特殊結構蛋白或復雜基質的切割效果，以及“一鍋法”酶解的效率考量。 5.4 肽段的純化與脫鹽： 固相萃取（SPE）小柱的操作流程、不同吸附劑的選擇及其對肽段迴收率的影響。 第六章：低豐度蛋白和特定蛋白質的富集策略 6.1 高豐度蛋白的去除（Depletion）： 詳細介紹基於親和層析柱（如MARC、Seppro係列）去除血清白蛋白、葉綠素相關蛋白等策略。 6.2 磷酸化、糖基化或泛素化蛋白質的特異性富集： 金屬離子親和層析（IMAC/TiO2/Fe3+）在磷蛋白富集中的應用與操作要點。 6.3 基於抗體的富集技術（Immunoaffinity Enrichment）： 在植物蛋白質組學中，針對特定靶點的抗體捕獲方法的構建與應用。 --- 第三部分：質譜分析與數據解析 本部分深入探討現代蛋白質組學研究的核心——液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS）的操作參數、數據采集模式，以及如何從海量數據中提取有意義的生物學信息。 第七章：液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS）基礎與操作 7.1 色譜分離： 梯度洗脫的優化、色譜柱的選擇（C18、HILIC等）對肽段鋪展和覆蓋率的影響。 7.2 質譜采集模式： 從定性為主的Data-Dependent Acquisition (DDA) 到定量為主的Data-Independent Acquisition (DIA) 的技術原理與應用場景分析。 7.3 高分辨質譜（HRMS）的應用： 聚焦Orbitrap和Q-TOF技術在提高鑒定精度和降低背景噪音中的優勢。 7.4 儀器維護與性能驗證： 確保質譜儀日常操作的穩定性和靈敏度的標準流程。 第八章：定量蛋白質組學的方法學 8.1 標記定量技術綜述： 比較非標記定量（Label-Free Quantification, LFQ）與標記定量（TMT/iTRAQ）的優劣勢和成本效益。 8.2 基於標簽的定量流程詳解： TMT/iTRAQ標記試劑的反應條件、純化步驟與MS/MS掃描策略。 8.3 LFQ的統計學基礎： 歸一化方法（Total Ion Current, Median Normalization）的選擇與影響。 第九章：生物信息學數據處理與功能注釋 9.1 數據庫選擇與搜索策略： 針對植物物種的蛋白質數據庫構建、蛋白序列來源（如NCBI NR, SwissProt）的選擇，以及搜索引擎（Mascot, SEQUEST, MaxQuant）參數的設置。 9.2 過濾與質量控製： FDR（錯誤發現率）的設定標準、肽段唯一性、譜圖匹配質量評分（Delta Mass, Score）的評估。 9.3 蛋白質修飾（PTM）的鑒定： 關注特定翻譯後修飾的分析流程，如磷酸化、乙酰化位點的識彆與驗證。 9.4 下遊數據解讀與可視化： 基於GO（Gene Ontology）、KEGG通路分析對差異錶達蛋白質進行功能富集分析。差異蛋白的可視化（火山圖、熱圖）與統計顯著性報告。 --- 第四部分：應用與前沿技術 第十章：植物蛋白質組學的特定應用案例 10.1 脅迫響應蛋白質組學： 乾旱、鹽堿、低溫等非生物脅迫下蛋白質錶達模式的分析策略。 10.2 發育生物學中的應用： 花發育、種子成熟、次生代謝産物閤成途徑中的關鍵蛋白鑒定。 10.3 亞細胞定位與相互作用組學（Interactomics）： 介紹酵母雙雜交（Y2H）的改進方法在植物係統中的應用，以及Co-IP/MS技術如何確定蛋白質復閤物。 第十一章：新興與交叉技術展望 11.1 靶嚮蛋白質組學（Targeted Proteomics）： SRM/PRM 技術在驗證生物標誌物和高靈敏度定量中的應用。 11.2 單細胞蛋白質組學的挑戰與潛力： 應對植物細胞異質性的新型樣品製備和檢測技術。 11.3 整閤組學： 如何將蛋白質組數據與轉錄組、代謝組數據進行多組學整閤分析，構建更完整的植物生理模型。 --- 附錄： 常用化學試劑配製與儲存指南 常見實驗故障排除手冊（如酶切不完全、質譜信號弱） 常用生物信息學工具及在綫資源索引 本書旨在為植物生物學、農業科學及生物技術領域的研究人員、研究生提供一本詳盡、可靠、可操作性極強的實驗參考手冊。

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我在大學期間參與瞭一個關於植物生長調控因子的項目，導師推薦我參考《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》來完成蛋白質鑒定部分的工作。我最先被書中關於蛋白質提取和純化的幾個案例研究所吸引。作者選取瞭不同來源的植物材料，詳細闡述瞭針對這些材料設計的特異性提取和純化方案，並對每一步的關鍵參數進行瞭細緻的說明和解釋。例如，書中在處理富含酚類物質的植物組織時，提供瞭多種去除酚類物質的策略，包括使用 PVA 聚閤物、不同 pH 值的緩衝液，甚至是通過植物組織預處理等方法，這讓我覺得非常實用。我特彆喜歡書中在介紹實驗方法時，總是會附帶一些“常見問題及解決方法”的小貼士，這大大降低瞭我們初學者在實驗過程中遇到睏難的概率。書中對於不同蛋白質組學平颱（如 MALDI-TOF/TOF、ESI-Orbitrap等）的性能特點和應用範圍也進行瞭清晰的介紹，並針對植物蛋白質組學研究的特點，給齣瞭選擇閤適平颱的建議。這本書不僅僅是一本操作手冊，更像是一位經驗豐富的導師，它能夠引導我們從宏觀上理解整個實驗流程，並在微觀上解決遇到的每一個具體問題。

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我是一名在某生物科技公司從事産品研發的資深工程師，我們公司一直在生物醫藥領域探索新的靶點和通路，其中植物來源的活性蛋白一直是我們的關注重點。《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》這本書，為我們在探索植物蛋白功能和應用方麵提供瞭寶貴的參考。我非常欣賞書中關於高通量篩選和自動化實驗設計的理念。書中介紹瞭如何利用微流控技術和高密度芯片進行大規模的蛋白質篩選，以及如何通過機器人自動化平颱來提高實驗效率和可重復性。雖然這些技術可能在我們日常實驗室中不是最常用的，但瞭解其原理和應用前景，對於我們把握行業前沿趨勢非常有益。我特彆關注書中關於數據庫構建和信息學分析的章節。作者詳細介紹瞭如何從公共數據庫中提取植物基因組和蛋白質序列信息，如何利用生物信息學工具進行序列比對、功能預測和網絡分析。書中還提供瞭一些常用的蛋白質組學數據分析軟件的介紹和使用教程，這對於我們快速地從海量數據中挖掘有價值的信息至關重要。這本書的深度和廣度都讓我印象深刻，它不僅涵蓋瞭基礎的實驗操作，更觸及瞭前沿的研究方法和技術，為我們進行更深入的植物蛋白研究提供瞭強大的技術支撐。

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作為一名在高校生物技術專業即將畢業的本科生，我一直渴望能夠將課堂上學到的理論知識與實際的實驗操作相結閤。《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》這本書，恰好滿足瞭我這一需求。我最先被書中關於蛋白質分離純化技術的部分所吸引。書中詳細介紹瞭 SDS-PAGE、二維電泳、親和層析、離子交換層析等多種常用的蛋白質分離方法，並且針對植物特有的復雜基質，給齣瞭許多優化實驗條件和解決常見問題的實用技巧。例如，在處理植物細胞壁時，書中提供瞭幾種不同的酶解方案，並詳細說明瞭每種方案的適用範圍和潛在風險，這讓我覺得非常貼心。我還特彆留意瞭書中關於膠體保護和染色技術的講解，從 Coomassie 亮藍染色到銀染，再到熒光染色，都配有詳細的步驟和圖片，並且對各種染色的靈敏度和特異性進行瞭比較，這讓我能夠根據自己的研究需求選擇最閤適的染色方法。另外，書中還強調瞭實驗過程中的安全事項和廢棄物處理規範，這對於我們初學者來說是至關重要的。通過學習這本書，我不僅掌握瞭蛋白質分離和鑒定的基本技術，更重要的是，我學會瞭如何係統地思考和設計實驗，這對我未來的科研道路打下瞭堅實的基礎。

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我是一名在科研院所從事植物生理學研究多年的副研究員，一直以來都對蛋白質組學的研究方法抱有濃厚的興趣，但苦於沒有係統性的實驗指導。這次有幸接觸到《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》，我嘗試性地閱讀瞭其中關於蛋白質鑒定和定量分析的部分。這本書對於質譜分析的原理和技術進行瞭深入淺齣的講解，讓我對De novo測序、數據庫搜索等方法有瞭更清晰的認識。我特彆喜歡書中關於數據分析策略的討論，作者詳細闡述瞭如何選擇閤適的數據庫，如何設置搜索參數以提高鑒定效率和準確性，以及如何進行差異蛋白分析和富集分析。其中關於蛋白質翻譯後修飾（PTM）的研究部分，更是讓我眼前一亮。書中不僅介紹瞭磷酸化、糖基化等常見的PTM，還提供瞭相應的富集策略和質譜分析方法，這對於我們研究植物在逆境脅迫下的信號轉導機製非常有幫助。此外，書中還對不同定量策略（如iTRAQ、TMT、Label-free）的優缺點進行瞭比較分析，並給齣瞭在不同研究場景下如何選擇最閤適定量方法的建議。我個人認為，這本書最大的亮點在於它不僅僅是羅列實驗步驟，而是深入到實驗設計的哲學層麵，引導讀者思考“為什麼這樣做”以及“如何做得更好”，這對於提升實驗人員的科研素養至關重要。

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作為一名初涉植物蛋白質組學領域的博士生，我懷著忐忑又興奮的心情翻開瞭這本《生命科學實驗指南係列：植物蛋白質組學實驗指南》。初次拿到這本書，我的第一感覺就是它的專業性極強，封麵設計簡潔大氣，書本本身的質感也十分不錯，厚實的分量預示著內容的翔實。我特彆關注瞭書中關於樣本準備的部分，因為這通常是影響後續實驗結果的關鍵一步。書中對不同植物組織（如葉片、根、種子）的采摘、保存、研磨以及細胞裂解等環節都進行瞭細緻的描述，並且針對不同植物類型和研究目的，給齣瞭多種優化方案和注意事項，這一點對於新手來說簡直是福音。我尤其對其中關於如何最大限度地減少蛋白降解和修飾的章節印象深刻，作者列舉瞭多種常用的蛋白酶抑製劑混閤物以及它們的最佳使用濃度和條件，還提供瞭不同裂解緩衝液的配方和適用範圍，這讓我覺得書中的內容是經過反復實踐驗證的，非常具有指導意義。另外，書中在起始步驟就強調瞭前處理的重要性，比如去除乾擾性物質，這在我之前的學習中是比較模糊的概念，而這本書則給齣瞭具體的實驗操作流程和相應的對照實驗設計，讓我能更清晰地理解每一步的原理和目的。這本書的結構安排也十分閤理，從基礎的實驗設計理念到具體的實驗操作步驟，層層遞進，條理清晰，讓我能夠循序漸進地掌握植物蛋白質組學的實驗技術。

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还可以，做这方面研究值得参考

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还可以，做这方面研究值得参考

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《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》由国际植物蛋白质组学研究领域的数位专家合作编写而成，系统介绍了植物细胞总蛋白、细胞器蛋白的分离提取，蛋白质的修饰，经典的蛋白质双向电泳、质谱技术等植物蛋白质组学研究的常用技术方法。对实验流程的描述简洁易懂，并配有实例，同时对关键步骤做了特别注释，无论对教学还是科研都有很高的参考价值。

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挺好的，质量不错，便宜，速度快

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这个方法的改进后则是用真空透析的原生质体［5］或整个植物组织［6，7］来洗涤非原生质体和细胞壁的蛋白质。这个方法包括一个灌输步骤借助盐溶液或其他的溶液通过温和降低压力从而进入细胞间隙。Roger等［5］用1mol/LNaCl和0.4mol/LCaCl2来透析来自于纤维植物下胚轴的固定原生质体，并通过离心和过滤收集非原生质体。马铃薯块茎中的非原生质体通过含有0.6mol/L的NaCl透析组织获得，然后，离心收集提取物［6］），已使用这种方法收集叶片中的汁液，这种方法采用含20mmol/L抗坏血酸、20mmol/L氯化钙［7］的溶液。根汁液收集通过简单切割和离心组织收获分泌物非破坏性蛋白质提取方法的一个主要的缺点是，细胞壁蛋白质的产量通常较低。目前以基因组为基础的估算预测出数以百计的分泌蛋白［9］；然而只有这个数量的一小部分，在没有破坏的植物细胞壁的蛋白质研究中被发现。第二个缺点是质膜断裂的可能性将导致伴随细胞质和膜蛋白的细胞壁组分的污染。由于污染是一个巨大的障碍，因此确保细胞壁的纯度的方法应包括针对典型的污染蛋白质如检测标记酶的活性或Western杂交。

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《生命科学实验指南系列：植物蛋白质组学实验指南》由国际植物蛋白质组学研究领域的数位专家合作编写而成，系统介绍了植物细胞总蛋白、细胞器蛋白的分离提取，蛋白质的修饰，经典的蛋白质双向电泳、质谱技术等植物蛋白质组学研究的常用技术方法。对实验流程的描述简洁易懂，并配有实例，同时对关键步骤做了特别注释，无论对教学还是科研都有很高的参考价值。

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破坏性蛋白质提取的方法是细胞壁蛋白提取的第二个主要途径，并且这个方法也应用了质壁分离。在用含有甘油和甘露醇的溶液处理拟南芥的悬浮细胞系后，将细胞通过一个N2破碎弹随后细胞碎片被恢复并且通过显微镜检查。从准备的细胞壁材料中用2%的十二烷基硫酸钠（SDS）提取蛋白质并用Western杂交分析污染的胞内蛋白。作为非破坏性的方法，污染是一个重大的问题，因此必须保证细胞壁的纯度。

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从5种植物体中提取只含有初生细胞壁的蛋白质［3］是分离和鉴定大量细胞壁蛋白质的尝试之一。通过过滤收集细胞，通过在5种不同的缓冲液中搅拌细胞提取蛋白质。缓冲液包含0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA、50mmol/L乙酸钠（pH6.5）、2mmol/L的二硫苏糖醇、1mol/LNaCl和0.2mol/L硼酸，pH7.5，缓冲液用于后续和非后续的提取体系。Blee等［4］采用了同时具有初生细胞壁和次生细胞壁的转化了的烟草的悬浮细胞系作为活细胞直接提取总蛋白的来源。蛋白质提取用0.2mol/LCaCl2、50mmol/LCDTA。

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植物蛋白质组学实验指南