　　《基因定位與育種設計》建立在作者十多年科研和教學的基礎之上，《基因定位與育種設計》可分為四部分.第1章為第1部分，介紹遺傳研究群體.主要包括常見群體類型、基因型數據的初步整理和分析、基因效應和遺傳方差的定義和計算、單環境和多環境錶型觀測值的方差分析，以及基因型值和遺傳力的估計等內容.第2章為第二部分，介紹連鎖分析和遺傳圖譜構建.主要包括世代轉移矩陣、兩個座位上基因型的理論頻率、兩個基因座位間重組率的估算、作圖函數和遺傳圖譜構建算法等內容.第3~第7章為第三部分，介紹數量性狀基因的作圖原理和方法.主要包括單標記分析，簡單區間作圖，完備區間作圖，上位型互作及與環境互作的QTL作圖，選擇群體、自然群體和多親本群體的基因定位，以及QTL作圖中常見問題解析等內容.第8~第10章為第四部分，介紹育種中的模擬、預測和設計.主要包括育種過程的建模和模擬，育種方法的模擬比較和優化，綫性預測模型及其育種應用，以及利用遺傳研究結果開展育種設計等內容.前三部分可看作基因定位的內容，第四部分可看作育種設計的內容.每章之後，附有練習題.書後附有參考文獻、中英文名詞對照和索引.

內頁插圖

第1章遺傳研究群體§1.1 遺傳研究的常見群體類型§1.1.1 雙親群體§1.1.2 多親群體§1.1.3 創建遺傳群體的若乾注意事項§1.2 基因型數據的初步整理和分析§1.2.1 基因型數據的獲取§1.2.2 基因頻率和基因型頻率§1.2.3 基因型頻率的適閤性檢驗§1.3 基因效應和遺傳方差§1.3.1 群體均值和錶型方差的計算§1.3.2 單基因座位上的加顯性遺傳模型§1.3.3 單基因座位上的遺傳方差§1.4 單環境錶型觀測值的方差分析§1.4.1 錶型值的綫性分解§1.4.2 錶型離差平方和的分解§1.4.3 水稻粒長性狀的單環境方差分析§1.5 多環境錶型觀測值的方差分析§1.5.1 錶型值的綫性分解§1.5.2 錶型離差平方和的分解§1.5.3 水稻粒長的多環境方差分析§1.6 基因型值和遺傳力的估計§1.6.1 單環境基因型值和遺傳力的估計§1.6.2 多環境基因型值和遺傳力的估計§1.6.3 異質誤差方差下基因型值的估計練習題

第2章連鎖分析和遺傳圖譜構建§2.1 世代轉移矩陣§2.1.1 世代轉移矩陣的定義§2.1.2 迴交世代轉移矩陣§2.1.3 自交世代轉移矩陣§2.1.4 加倍單倍體世代轉移矩陣§2.1.5 連續自交的世代轉移矩陣§2.1.6 基因型理論頻率的矩陣錶示§2.2 兩個座位上各種基因型的理論頻率§2.2.1 10種基因型的理論頻率§2.2.2 永久群體中4種純閤基因型的理論頻率§2.2.3 兩個共顯性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.2.4 一個共顯性和一個顯性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.2.5 一個共顯性和一個隱性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.2.6 兩個顯性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.2.7 一個顯性和一個隱性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.2.8 兩個隱性標記在暫時群體中的基因型理論頻率§2.3 兩個標記/基因座位間重組率的估算§2.3.1 DH群體中重組率的極大似然估計§2.3.2 重組率極大似然估計的一般形式§2.3.3 F2群體中一個共顯性座位和一個顯性座位間的重組率估計§2.3.4 Newton迭代算法中初始值的選取§2.3.5 F2群體中重組率估計的EM算法§2.3.6 奇異分離對重組率估計的影響§2.4 不同遺傳群體重組率估計的比較研究§2.4.1 不同遺傳群體中檢驗連鎖的LOD統計量§2.4.2 不同遺傳群體中重組率估計的準確度§2.4.3 不同遺傳群體檢測到顯著連鎖所需的樣本量§2.5 作圖函數和遺傳圖譜構建§2.5.1 遺傳乾涉和乾涉係數§2.5.2 作圖函數§2.5.3 標記分群算法§2.5.4 標記排序算法§2.6 隨機交配群體的連鎖分析§2.6.1 隨機交配與連鎖不平衡§2.6.2 基因型到配子的轉移矩陣§2.6.3 隨機交配若乾代的配子型和基因型頻率練習題

第3章單標記分析和簡單區間作圖§3.1 單標記分析§3.1.1 單標記基因型均值的差異分析§3.1.2 兩種基因型群體中單標記分析的t檢驗§3.1.3 3種基因型群體中單標記分析的t檢驗§3.1.4 3種基因型群體中單標記方差分析§3.1.5 單標記分析的似然比測驗§3.1.6 單標記分析存在的問題§3.2 簡單區間作圖§3.2.1 區間標記型中QTL基因型的頻率§3.2.2 QTL基因型平均錶現的極大似然估計§3.2.3 QTL存在的檢驗§3.2.4 QTL遺傳效應和貢獻率的估計§3.2.5 區間作圖在一個DH和一個F2群體中的應用§3.2.6 簡單區間作圖中的幻影QTL現象§3.2.7 簡單區間作圖的其他問題§3.3 檢驗統計量LOD臨界值的選擇§3.3.1 顯著性水平和檢驗統計量的臨界值§3.3.2 不存在QTL的零假設條件下單個掃描位點LRT統計量的分布§3.3.3 單條染色體上最大LOD統計量分布的影響因素§3.3.4 全基因組有效檢驗次數與經驗LOD臨界值§3.3.5 排列檢驗與經驗LOD臨界值練習題

第4章完備區間作圖方法§4.1 控製背景遺傳變異的重要性§4.2 DH群體完備區間作圖§4.2.1 單個QTL的加性遺傳模型§4.2.2 多個QTL的加性遺傳模型§4.2.3 定位加性QTL的一維掃描和假設檢驗§4.2.4 ICIM在一個大麥DH作圖群體中的應用§4.3 F2群體完備區間作圖§4.3.1 單QTL的加顯性遺傳模型§4.3.2 多QTL的加顯性遺傳模型§4.3.3 定位加顯性QTL的一維掃描和假設檢驗§4.3.4 ICIM在一個大豆F2作圖群體中的應用§4.4 假設檢驗的第二類錯誤與QTL檢測功效§4.4.1 第二類錯誤和假設檢驗的功效§4.4.2 第二類錯誤概率與適宜的樣本量§4.4.3 模擬試驗中QTL的分布和效應模型§4.4.4 QTL檢測功效和錯誤發現率的計算§4.5 完備區間與簡單區間兩種作圖方法的比較§4.5.1 簡單區間作圖的QTL檢測功效§4.5.2 完備區間作圖的QTL檢測功效§4.5.3 依標記區間的檢測功效§4.5.4 QTL作圖群體的大小§4.6 避免錶型對標記變量的過擬閤練習題

第5章互作QTL作圖§5.1 DH群體中上位型互作QTL作圖§5.1.1 互作QTL作圖的綫性迴歸模型及其統計學性質§5.1.2 上位性QTL的二維區間作圖§5.1.3 連鎖和上位型互作存在時群體遺傳方差的計算§5.1.4 利用DH群體定位互作QTL的模擬研究§5.2 F2群體上位型互作QTL作圖§5.2.1 F2群體的上位型互作遺傳模型§5.2.2 F2群體的上位性QTL作圖§5.3 常見互作類型的遺傳分析和檢測功效§5.3.1 兩個互作座位間遺傳效應的計算§5.3.2 兩個基因座位間遺傳方差的分解§5.3.3 互作QTL檢測功效的模擬§5.3.4 互作QTL作圖應注意的一些問題§5.4 QTL與環境間的互作分析§5.4.1 加性QTL與環境的互作分析§5.4.2 加加上位性QTL與環境的互作分析§5.4.3 一個真實RIL群體的QTL和環境互作分析練習題

第6章其他類型群體的基因定位§6.1 選擇基因型分析和混閤分離分析§6.1.1 選擇基因型分析的統計學原理§6.1.2 選擇基因型分析中檢驗QTL的LOD統計量§6.1.3 混閤分離分析§6.1.4 選擇基因型分析和混閤分離分析存在的問題§6.2 染色體片段置換係群體的QTL作圖§6.2.1 染色體片段置換係群體的特點§6.2.2 染色體片段置換係群體的QTL定位方法§6.2.3 水稻染色體片段置換係群體中粒長性狀的QTL作圖§6.3 多親本與一個共同親本雜交衍生遺傳群體的QTL作圖§6.3.1 廣義綫性迴歸和模型選擇§6.3.2 JICIM的參數估計和假設檢驗§6.3.3 一個擬南芥NAM群體中開花期性狀的QTL定位§6.4 自然群體的關聯分析方法§6.4.1 連鎖與連鎖不平衡§6.4.2 隨機交配與連鎖不平衡§6.4.3 群體結構與連鎖不平衡§6.4.4 連鎖分析和關聯分析兩種基因定位方法的比較§6.5 數量性狀基因的孟德爾化§6.5.1 重組近交傢係群體中粒寬QTL的初步定位§6.5.2 染色體片段置換係群體中粒寬QTL的驗證§6.5.3 一個穩定遺傳粒寬QTL的孟德爾化§6.5.4 一個穩定遺傳粒寬QTL的精細定位練習題

第7章 QTL作圖中的其他常見問題§7.1 QTL遺傳方差和貢獻率的計算§7.1.1 單個QTL的遺傳方差和貢獻率§7.1.2 連鎖QTL的遺傳方差和貢獻率§7.1.3 QTL貢獻率與QTL檢測功效的提高§7.2 復閤性狀的QTL作圖§7.2.1 復閤性狀及其在遺傳研究和育種中的應用§7.2.2 一個玉米RIL群體中構成性狀和復閤性狀的QTL作圖§7.2.3 復閤性狀的基因效應和遺傳方差§7.2.4 復閤性狀QTL作圖的功效分析§7.2.5 復閤性狀的遺傳力§7.3 加密標記對QTL檢測功效的影響§7.3.1 加密標記對單個QTL檢測的影響§7.3.2 加密標記對連鎖QTL檢測的影響§7.4 缺失標記的填補及缺失標記對QTL作圖的影響§7.4.1 缺失標記的填補§7.4.2 一個水稻F2群體中的株高QTL§7.4.3 缺失標記對QTL檢測功效的影響§7.5 奇異分離對遺傳研究的影響§7.5.1 一個水稻F2群體中的奇異分離標記§7.5.2 奇異分離在3種基因型群體中對QTL作圖的影響§7.5.3 奇異分離影響的距離§7.5.4 奇異分離在兩種基因型群體中對QTL作圖的影響§7.6 數量性狀錶型分布的非正態性§7.6.1 數量性狀的錶型模型與錶型分布§7.6.2 非正態錶型分布的QTL作圖練習題

第8章育種過程的建模和模擬§8.1 植物育種模擬的重要性、原理和工具§8.1.1 育種模擬的重要性§8.1.2 育種模擬原理和工具§8.2 定義基因和環境係統及育種起始群體§8.2.1 基因和環境係統的一些基本信息§8.2.2 環境和性狀信息§8.2.3 基因信息§8.2.4 標記信息§8.2.5 上位型互作網絡信息§8.2.6 起始群體信息§8.3 在QuLine中定義育種方法§8.3.1 育種過程的詳細描述§8.3.2 育種模擬試驗的若乾基本信息§8.3.3 簡化修飾係譜育種方法的數字化定義§8.3.4 簡化選擇混閤育種方法的數字化定義§8.4 模擬試驗設計和結果分析§8.4.1 模擬試驗設計§8.4.2 模擬結果分析:不同育種策略的遺傳進度§8.4.3 模擬結果分析:成本與收益分析§8.4.4 育種模擬與科學化育種練習題

第9章育種方法的模擬和比較§9.1 比較育種方法和利用基因信息選配親本§9.1.1 修飾係譜和選擇混閤兩種育種方法的模擬和比較§9.1.2 育種模擬在利用已知基因信息選配親本中的應用§9.2 迴交育種的模擬和比較§9.2.1 模擬試驗的基本信息§9.2.2 墨西哥國際玉米小麥改良中心小麥育種的親本材料§9.2.3 簡單迴交與選擇混閤育種策略的結閤§9.2.4 模擬試驗設計§9.2.5 模擬結果分析§9.2.6 迴交育種及簡單迴交育種策略的廣泛應用§9.3 加倍單倍體與小麥常規育種的模擬比較§9.3.1 基因和環境係統§9.3.2 兩種DH育種和常規育種方法§9.3.3 3種育種方法的年份和成本分析§9.3.4 DH和常規育種的遺傳進度§9.4 標記輔助育種的模擬和比較§9.4.1 目標基因型存在的最小群體§9.4.2 聚閤多個有利等位基因的群體遺傳學§9.4.3 育種親本和基因信息§9.4.4 復雜遺傳模型下預測選擇結果§9.4.5 頂交試驗中聚閤9個有利基因的最優策略§9.5 實現育種目標的成功概率估計§9.5.1 HarvestPlus挑戰計劃的育種目標§9.5.2 遺傳模型和育種親本材料§9.5.3 育種目標設置和育種策略模擬§9.5.4 不同育種策略間成功概率比較練習題

第10章育種中的預測和設計§10.1 綫性模型及其參數估計§10.1.1 綫性迴歸模型§10.1.2 迴歸係數和誤差方差的估計§10.1.3 廣義綫性模型§10.1.4 最優綫性無偏估計和最優綫性無偏預測§10.1.5 混閤效應模型§10.2 育種值的預測§10.2.1 動物模型§10.2.2 配子模型§10.2.3 動物係譜共祖先係數的計算§10.2.4 植物自交係共祖先係數的計算§10.3 玉米雜交種錶現的預測§10.3.1 一個玉米雜交種衍生的遺傳研究群體§10.3.2 預測模型§10.3.3 預測模型的有效性和未測試雜交種的錶現預測§10.3.4 預測方法有效性與性狀遺傳結構的關係§10.4 遺傳研究到育種設計§10.4.1 研究育種目標性狀的基因或QTL§10.4.2 結閤育種目標設計目標基因型§10.4.3 達到目標基因型的途徑分析§10.4.4 全基因組選擇方法§10.4.5 遺傳研究與植物育種方法練習題參考文獻中英文名詞對照和索引圖版