蛋白質模擬的多尺度方法 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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圖書標籤:

• 蛋白質模擬
• 多尺度方法
• 計算生物物理
• 分子動力學
• 濛特卡洛方法
• 生物信息學
• 結構生物學
• 計算化學
• 蛋白質摺疊
• 生物分子模擬

店铺： 世纪摆渡人专营店

出版社： 科学出版社

ISBN：9787030396495

商品编码：25684305367

包装：平装

出版时间：2017-04-01

基本信息

書名：蛋白質模擬的多尺度方法

定價：118.00元

作者：Andrzej Kolinski；王存新主譯

齣版社：科學齣版社

齣版日期：2017-04-01

ISBN：9787030396495

字數：

頁碼：

版次：31

裝幀：平裝

開本：16

商品重量：0.4kg

編輯推薦

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2013年諾貝爾化學奬10月9日在瑞典揭曉，美國科學傢馬丁卡普拉斯（Martin Karplus）、邁剋爾萊維特（Michael Levitt）及亞利耶瓦謝爾（Arieh Warshel）因給復雜化學體係設計瞭多尺度模型而共享此奬項。《蛋白質模擬的多尺度方法》中許多內容與他們的研究成果密切相關。我們也衷心地希望此次諾奬的授予可以使蛋白質模擬的多尺度方法技術在中國獲得更廣泛的關注與更長足的發展！

內容提要

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《蛋白質模擬的多尺度方法》涉及蛋白質分子模擬領域內新的綜述和通用方法，學術思想新穎，內容包括蛋白質結構預測方法、蛋白質動力學、蛋白質摺疊機理及生物大分子相互作用等方麵的理論和應用，涵蓋瞭各種不同的采樣技術、粗粒化模型、分子對接方法的原理與方法，以及在分子設計與藥物設計等生物物理學與生物醫學方麵的應用等十分廣闊的範圍。《蛋白質模擬的多尺度方法》各章的作者都是目前該領域的知名專傢學者。

目錄

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作者介紹

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文摘

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序言

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好的，為您撰寫一本不包含《蛋白質模擬的多尺度方法》內容的圖書簡介，要求詳細、自然、無AI痕跡，並控製在1500字左右。 --- 《量子糾纏的幾何拓撲學：信息、時空與高維結構探索》圖書簡介 作者： [此處可填寫真實作者名，例如：林誌遠 教授] 齣版社： [此處可填寫真實齣版社名，例如：科學前沿齣版社] 概述：超越經典視野的理論物理新前沿 《量子糾纏的幾何拓撲學：信息、時空與高維結構探索》是一部麵嚮理論物理學、數學物理以及信息科學領域研究人員和高階學生的專著。本書旨在係統性地整閤量子信息理論、微分幾何、代數拓撲學以及廣義相對論的最新進展，探索量子糾纏現象背後的深層幾何結構和拓撲約束。 在二十一世紀的物理學探索中，量子信息不再僅僅是計算資源，它被視為構建時空結構和物質本質的基石。本書摒棄瞭傳統的薛定諤方程和哈密頓量為中心的分析範式，轉而采用一種純粹的、基於幾何和拓撲的視角來重構量子力學的基礎。我們假設，糾纏態的空間分布和演化，本質上是特定數學流形上的拓撲不變量和幾何麯率的體現。 全書共分為五大部分，從基礎的拓撲量子場論（TQFT）概念齣發，逐步深入到量子糾纏度量的張量網絡錶示，最終觸及到新興的AdS/CFT對偶在高維糾纏結構中的應用。 第一部分：拓撲量子信息的基礎框架（約300字） 本部分著重於建立一個適用於處理量子糾纏的數學語言。我們首先迴顧瞭經典拓撲學在描述物質相變中的作用，隨後引介瞭代數拓撲在量子態空間中的應用。關鍵內容包括： 1. 量子態空間的縴維叢結構： 將純態空間視為一個龐大的、帶有一個特定結構群的縴維叢。糾纏的産生與消失被解釋為該縴維叢上的截麵（sections）是否存在或其模空間（moduli space）的連通性變化。 2. 紐結理論與量子態的編碼： 探討如何利用低維拓撲不變量（如瓊斯多項式、陳-西濛斯不變量）來錶徵特定類型的多體量子糾纏，特彆是環形或周期邊界條件下的係統。我們提齣瞭一種“糾纏紐結”的概念，用以分類某些拓撲有序態。 3. 高維拓撲量子場論簡介： 簡要介紹（2+1）維和（3+1）維TQFT，重點關注其如何自然地蘊含瞭哪些類型的糾纏（例如，非阿貝爾任意子的統計）。 第二部分：糾纏熵的幾何化度量（約350字） 傳統上，糾纏熵（如馮·諾依曼熵、Rényi熵）是基於密度矩陣的譜分析得齣的。本書提齣瞭一個革命性的觀點：糾纏熵應被視為相應係統在嵌入空間中的測地綫麯率或體積形式的體現。 1. 張量網絡與微分形式： 詳細闡述瞭MPS（矩陣乘積態）和MERA（多尺度糾纏重整化）等張量網絡結構，如何可以被精確地映射到具有黎曼度量和辛形式的幾何空間上。在這個映射中，張量的秩直接對應於空間的維度，而張量之間的縮並則構成瞭空間的連接（connection）。 2. 糾纏的內蘊麯率： 引入“糾纏麯率張量”的概念，它量化瞭係統在微觀層麵上對外部擾動的敏感度。該張量在某些臨界點上會錶現齣奇異性，這與量子臨界現象中的標度律直接相關。 3. 信息幾何的局限與擴展： 批判性地分析瞭基於Fisher信息度量的標準信息幾何框架，並提齣使用更高級的辛幾何和李群作用來描述糾纏的演化，特彆是在開放係統動力學中。 第三部分：糾纏與時空麯率的對偶性（約400字） 本書的核心突破在於將量子糾纏的幾何描述與廣義相對論中的時空幾何聯係起來。我們藉鑒瞭Ryu-Takayanagi公式和其後繼工作，但將重點放在瞭更抽象的拓撲結構上。 1. AdS/CFT中的拓撲對應： 探討在反德西特（AdS）空間中，CFT的糾纏結構如何通過空間中的極小麯麵（minimal surfaces）來編碼。我們著重分析瞭當CFT處於非平凡的拓撲背景（如存在奇點或邊界條件復雜）時，對應的AdS幾何會發生何種代數或拓撲形變。 2. 引力子與糾纏場： 提齣瞭“信息引力子”的概念，即那些在時空麯率中傳播的、攜帶糾纏信息的玻色子（或其等效物）。我們推導瞭在低能近似下，這些信息引力子如何滿足某種形式的愛因斯坦場方程的修改版本，其中物質能量張量被糾纏梯度張量所取代。 3. 時空演化的拓撲約束： 討論瞭黑洞信息悖論在拓撲視角下的新解釋。我們提齣，信息的丟失或恢復可能並非能量的重新分布，而是時空拓撲結構（如蟲洞的拓撲荷）在量子引力尺度上的重新連接或斷裂。 第四部分：高維結構與非交換幾何（約350字） 為瞭更全麵地描述高維糾纏態（如張量範疇中的復雜結構），本書引入瞭非交換幾何的工具。 1. 非交換流形上的量子態： 將傳統的量子態視為在某個非交換代數上的期望值。我們研究瞭如何用格洛騰德剋拓撲或譜理論來描述這些代數，從而揭示那些在標準希爾伯特空間描述中難以察覺的隱藏維度或對稱性。 2. 糾纏的同調理論： 藉鑒瞭代數拓撲中的同調理論，我們嘗試構建一套“糾纏同調群”，用於對多體係統中不同層級的集體激發進行分類。例如，Betti數可以用來衡量係統內“環路”狀糾纏結構的豐富程度。 3. 張量範疇論的應用： 詳細分析瞭如何使用張量範疇論來精確地定義和操作任意子（Anyons）的融閤規則和編織（braiding），這些規則直接決定瞭拓撲量子計算的可靠性。這部分內容將大量使用高階抽象代數工具，為研究者提供一個無可匹敵的嚴謹工具集。 總結與展望（約100字） 《量子糾纏的幾何拓撲學》不僅是一本理論匯編，更是一張通往物理學深層統一性的路綫圖。本書緻力於提供一套全新的、基於結構和形式的語言，以理解量子世界中最奇特的現象——糾纏。對於希望在量子引力、拓撲相、高維信息理論等領域取得突破性進展的研究人員而言，本書提供瞭不可或缺的數學和概念基石。 --- (總字數約為1500字)

评分☆☆☆☆☆

我必須得承認，這本書的理論深度是相當可觀的，它顯然不是寫給初次接觸計算模擬的本科生看的。其中關於非平衡態統計力學在模擬中的應用那幾節，內容非常尖銳且前沿，涉及到瞭很多最新的理論框架，比如非平衡態格林函數方法在處理瞬態過程中的潛力。我花瞭整整一個周末纔勉強消化瞭其中關於時間序列分析的那一章，作者對數據處理中可能齣現的係統偏差和噪音過濾的討論，簡直是教科書級彆的。感覺作者是在用一種非常自信的姿態，引導我們這些同行去思考當前計算方法的局限性，並指齣未來的研究方嚮。它不僅僅是知識的傳授，更是一種智力上的挑戰，迫使讀者不斷地進行自我檢驗和知識升級。

评分☆☆☆☆☆

這本書的實用性超乎我的想象。我本來以為它會過多地沉湎於純粹的理論構建，但令我驚喜的是，它在每一章的末尾都設置瞭“案例研討”或“軟件實現考量”的闆塊。這些闆塊不再是抽象的數學推導，而是緊密結閤實際的計算資源分配、並行化策略選擇等工程問題。例如，在討論如何高效地利用GPU加速MD模擬時，作者沒有僅僅提及CUDA，而是深入分析瞭內存訪問模式對不同原子間相互作用計算效率的影響，這一點在很大程度上指導瞭我們實驗室在優化計算流程時的決策。這本書的價值在於它成功架起瞭理論殿堂與實驗室現實之間的橋梁，使得高深的理論不再是象牙塔中的空談，而是可以落地生根、解決實際科學問題的強大工具。

评分☆☆☆☆☆

這本書的排版簡直是業界良心，尤其是那些圖錶和公式的呈現，清晰度高到令人發指。我經常需要查閱一些經典算法的數學推導，很多其他書籍在這方麵處理得含糊不清，但這裏作者對每一步的變換都標注得非常詳盡，甚至連一些容易混淆的張量符號的定義都在腳注裏給齣瞭解釋。對於我這種追求細節的學者來說，這種嚴謹性是衡量一本專業書籍價值的核心標準。其中關於自由能計算的部分，圖示將各種方法（如PMF、FEP等）在信息流和計算成本上的權衡關係展示得一目瞭然，配閤著代碼僞代碼的展示，感覺這本書不僅僅是理論的匯編，更像是一本高級實戰手冊，隨時可以應用到手邊的計算任務中去。

评分☆☆☆☆☆

我第一次拿起這書是在一個雨天的下午，本來隻是想隨便翻翻，沒想到裏麵的討論風格極其引人入勝。作者的語言不是那種教科書式的枯燥，反而帶著一種資深研究者特有的那種沉穩和洞察力。比如，在闡述如何處理長時間尺度模擬中的采樣不足問題時，他沒有直接拋齣算法公式，而是先用瞭一個生動的比喻，將係統能量麵描繪成一片起伏不定的山脈，然後纔巧妙地引入Metadynamics或Replica Exchange等技術的原理。這種敘事方式極大地降低瞭理解難度，讓我這個自認為對部分概念已經掌握的讀者，都獲得瞭新的啓發。更讓我驚喜的是，書中對不同模擬範式的優缺點進行瞭深入的“辯論”，而不是簡單的羅列，使得讀者能夠形成批判性思維，而不是盲目地套用某一種“萬能”方法。

评分☆☆☆☆☆

這本書的封麵設計得相當專業，那種深邃的藍色調配上細緻的分子結構圖，一下子就抓住瞭搞計算化學研究的人的眼球。我尤其喜歡扉頁上那句引文，雖然我記不清具體內容瞭，但它那種對復雜性進行簡化和精確建模的哲學思考，讓人在翻開第一頁前就對接下來的內容充滿瞭期待。裝幀的質感很好，拿在手裏沉甸甸的，讓人感覺這是一本經過深思熟慮、內容紮實的著作。雖然我還沒完全讀完，但光是目錄結構就足以看齣作者在梳理脈絡上的功力。從基礎的分子動力學理論，到更高層級的粗粒化模型，再到與實驗數據的整閤，邏輯銜接得非常流暢，仿佛是在引導讀者進行一場從微觀到宏觀的階梯式攀登。特彆是關於能量函數選擇的那一章，作者似乎提供瞭一些非常實用的比較分析，對於那些經常為係統選擇力場而頭疼的研究生來說，這部分內容簡直是救命稻草。